客製化是近年手工餅乾禮盒非常重要的趨勢之一，也是許多消費者在搜尋推薦時特別關心的重點。大多數手工餅乾品牌都提供不同程度的客製服務，只是項目與條件會有所不同。

最常見的客製項目是口味搭配，例如可依個人喜好或送禮對象，選擇低糖、無堅果或特定風味組合，對於企業或特殊族群送禮來說非常實用。

其次是包裝客製，包括禮盒顏色、貼紙、品牌標籤或緞帶設計。有些品牌也提供大量訂購時的專屬印刷服務，能將公司 Logo 或活動主題融入禮盒中，大幅提升專業感。

另外，卡片客製也是很受歡迎的服務。不論是生日祝福、婚禮感謝或企業賀詞，一張簡單但有溫度的卡片，往往能讓整個手工餅乾禮盒的價值感再升級。

不過需要注意的是，客製通常會有最低訂購量與製作時間限制，建議提前與店家確認細節，避免影響送禮時程。